学院学科涉及农业工程、机械工程、电气工程、土木工程。学院现有农业工程一级学科博士点1个，一级学科硕士点2个，工程硕士和农业硕士专业硕士学位授予点各1个。其中农业工程一级学科博士点包含农业机械化工程、农业生物环境与能源工程、农业水土工程、农业电气化与自动化4个二级学科博士点。农业工程一级学科硕士点包含农业机械化工程、农业生物环境与能源工程、农业水土工程、农业电气化与自动化、土木与建筑环境5个二级学科硕士点；机械工程一级学科硕士点包含机械制造及其自动化、机械电子工程、机械设计及理论、车辆工程4个二级学科硕士点。
农业工程学科为重庆市重点学科，2019年农业工程一级学科博士后科研流动站获人力资源社会保障部、全国博士后管理委员会批准。